Κατά τον αυτοκαθαρισμό (backwash), το φίλτρο αντιστρέφει την φορά ροής του νερού και το διοχετεύει με πίεση, έτσι ώστε να απομακρυνθούν τα σωματίδια που έχουν κατακρατηθεί στην σίτα ή το υλικό φίλτρανσης. Μετά τον αυτοκαθαρισμό, το νερό οδηγείται στην αποχέτευση. Υπάρχουν τρία είδη αυτοκαθαριζόμενων φίλτρων: 1) χειροκίνητης λειτουργίας, 2) αυτόματης χρονικής λειτουργίας, μέσω ενσωματωμένου χρονοδιακόπτη και 3) αυτόματης λειτουργίας με διαφορική πίεση, με ενεργοποίηση του αυτοκαθαρισμού όταν το ενσωματωμένο διαφορικό μανόμετρο εντοπίσει πτώση πίεσης που υπερβαίνει το προκαθορισμένο όριο. Ο αυτοκαθαρισμός εξασφαλίζει άριστες συνθήκες υγιεινής, εμποδίζοντας την ανάπτυξη βακτηρίων.